はい、タイトル下手くそですね。

nodeではプロセスへのシグナルも監視できるので
それを利用したいと思います。

server.js

var fs = require('fs')
    , http = require('http')
    , httpServer = http.createServer(onRequest);

function onRequest(req, res) {
    res.end(require('./test').run());
}

fs.writeFileSync(__dirname + '/pid.txt', process.pid);
process.on('SIGUSR1', function(){
    for (var key in require.cache) {
        delete require.cache[ key ];
    }
});

httpServer.listen(8080);

server.js実行時のプロセスIDをpid.txtに書き出しておきます。
プロセスに「SIGUSR1」が送られるとキャッシュを消す仕組みです。

test.js

exports.run = function(){
    return 'こんにちわ';
}

requireするファイルを作ります。

ここで一旦

node server.js

で起動し、http://localhost:8080へ接続してみます。
当たり前なのですが、ブラウザに「こんにちわ」と表示されます。

test.js

ファイルを更新します。

exports.run = function(){
    return 'こんばんわ';
}

test.jsを更新、保存しても一度requireされたtest.jsはキャッシュされているので
ブラウザをリロードしても「こんばんわ」とは表示されません。

プロセスにシグナルを送ってみます。

cat pid.txt | xargs kill -SIGUSR1

これで、仕込んでおいたキャッシュクリア処理が動くので
もう一度ブラウザをリロードしてみると「こんばんわ」と表示されます。

今回は実際の運用に入ったらrequireのキャッシュってどうしてるんだろう
ってとこからやってみましたが、実際のところみんなどうしてるんだろうか。
prototypeとかいじっちゃってるんだろうか。
みんなどうしてるんだろうな〜〜〜〜

って疑問を残しつつ、以上です。